法定代表人：徐鸿祥，该公司总经理。
特别授权委托代理人：邓国平，贵州丰玺律师事务所律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）：贵州建工集团第三建筑工程有限责任公司，住所地贵州省贵阳市南明区遵义路67号。
法定代表人：周遵富，该公司董事长。
特别授权委托代理人：李春秀，女，该公司职工。
特别授权委托代理人：刘成禄，贵州辅正律师事务所律师。
贵阳爱建房地产开发有限公司（以下简称爱建公司）与贵州建工集团第三建筑工程有限责任公司（以下简称建工三公司）建设工程施工合同纠纷一案，贵州省贵阳市中级人民法院于2014年6月26日作出（2010）筑民一初字第24号民事判决。爱建公司与建工三公司均不服该判决，向本院提起上诉。本院受理后，依法组成合议庭对本案进行了审理，现已审理终结。
一审法院经审理查明，1998年3月31日，贵阳市服装研究所（以下简称“服装研究所”）与爱建公司作为甲方与作为乙方的建工三公司签订《补充协议书》约定：本协议为甲、乙双方所签订的《建筑工程施工合同》的组成部分；工程承包范围按甲方提供施工图的土建、水电、采暖设备安装，装饰装修及室外的附属工程。设备安装及装饰装修工程的具体范围、要求及标准另行签订；工程造价计算原则：以设计图纸及完成的工程量为依据，根据贵州省《九三定额》及相关文件结合当时市场价计算工程造价；乙方按国营二级企业标准取费；材料调差部分以双方认可的价格为准；乙方须将300万元存入甲方指定银行的乙方账户，由甲方监控使用，作为本工程施工的应急款项；因甲方不能按时支付工程进度款，造成乙方停工、停建达三个月，由此给乙方造成的直接损失由甲方负责，并承担应支付乙方工程款的利息（从乙方开工之日起至付款之日止按月利息1.5%计）；工程竣工后，甲方经质量验收合格一月内付清工程款的98.5%给乙方，留取1.5%作为维修质保金，待维修期满后，即付清所有工程款；本协议与原《建设工程施工合同》发生冲突以本协议为准；本协议未尽事宜，双方协商解决，协商不成，可向贵阳市仲裁委员会申请仲裁等内容。
1998年6月5日，爱建公司向湛江市第四建筑工程公司贵阳分公司（以下简称湛江四建）借款295万元，1998年6月29日爱建公司向湛江四建的账户付款250万元。1998年7月30日建工三公司向爱建公司出具收款250万元的收据，在该收据的收款事由上载明“预收新大陆工程款”。建工三公司认为上述250万元在收据上虽写的是“预付新大陆工程款”，但实际是爱建公司归还湛江四建的借款，收据虽系建工三公司出具，但款项系付到湛江四建的账上。审理过程中爱建公司与建工三公司确认的爱建公司支付的工程款项中未包含该250万元。
经招投标，1999年1月26日，爱建公司作为甲方与作为乙方的建工三公司签订《建设工程施工合同》，约定，爱建公司将新大陆广场工程发包给建工三公司施工；工程内容二十七层框剪结构，总建筑面积约28,660平方米；承包范围：按甲方提供施工图的土建、水电、采暖、设备安装、装饰装修及室外附属工程，设备安装及装饰装修工程的具体范围、要求及标准另行签订；开工日期1999年2月1日，竣工日期2000年11月30日（裙楼竣工日期1999年12月15日），总日历日期675天；合同价款暂定2,200万元，待施工完毕后，按实际完成的建安工程量结算；因不可抗拒因素造成的停工、停水、停电连续超过三天，其工期顺延，此外，延误一月，按本合同第三十一条第二款计算；合同价款调整条件为甲方代表确认的工程量的增减，甲方代表确认的设计变更及通知，工程造价管理部门公布的价格调整文件；价款调整方式为按实际完成的建安工程量，参照“93”定额及“95”安装定额和省发有关调整文件结合市场价进行结算；开工之前预付工程款250万元；乙方每月25日前上报甲方工程量报告；甲方每月支付乙方工程进度款2万元，直至乙方完成裙楼土建框架结构，乙方在完成修建基础部分及±00以上一层混凝土框架后十天内（含夹层），甲方支付已完工总造价的60%，以后的工程款按乙方每完成二层框架结构，甲方支付该部分工程造价的70%，完成裙楼土建框架时，甲方支付已完工程造价的70%款项给乙方，该部分工程余款在乙方施工完成裙楼装修经验收合格后，甲方在一个月内付清；乙方施工完成裙楼土建框架结构时，甲方预付装修部分工程造价的20%工程进度款，乙方再进行装修施工；乙方每完成塔楼三层土建框架结构，甲方支付已完工程造价的工程款；乙方进行塔楼装修、安装工程时，甲方按月进度付款；乙方采购施工所需材料的质量、价格须经甲方签字认可；结算方式按贵州省“93”定额及水电“95”定额和有关文件按实结算；乙方在工程竣工验收后15日内提交结算报告；甲方在收到报告之日起三月内批准结算报告；结算报告审核批准后5日内甲方将拨款通知送达经办银行；保修期限：土建一年、水电半年、屋面三年，其他分部工程按国家有关规定执行；保修金按工程结算额的3%在结算时扣除，保修期满后一次性返还；违约处理按照“合同条件”第三十一条执行；违约金额按合同价格的1%计算，并按“合同条件”第三十一条执行；甲方不按时付款的利息率按银行同期贷款利率计算等内容。该合同于1999年4月12日经贵阳市城乡建设委员会审查同意。该合同所附《建设工程施工合同条件》第三十一条载明“ 违约。甲方代表不能及时给出必要指令、确认、批准、不按合同约定履行自己的各项义务、支付款项及发生其它使合同无法履行的行为，应承担违约责任（包括支付因其违约导致乙方增加的经济支出和从应支付之日起计算的应支付款项的利息等），相应顺延工期；按协议条款约定支付违约金和赔偿因其违约给乙方造成的窝工等损失。乙方不能按合同工期竣工，施工质量达不到设计和规范的要求，或发生其它使合同无法履行的行为，甲方代表可通知乙方，按协议条款约定支付违约金，赔偿因其违约给甲方造成的损失”。
1999年3月1日，爱建公司作为甲方与作为乙方的建工三公司第三直属工程处（以下简称建工三公司三直属处）签订《关于建材价格确定的补充协议》，约定，根据原合同有关条款，对主要建材价格执行“九三定额结合市场综合指导价及当季市场浮动价格”；乙方每月25日前将下月工程预算及主材采购量及单价预报甲方，由甲方确认；特殊情况下，乙方所报商品砼、水泥价格每立方米或每吨不高于市场价10元，钢材每吨不高于30元，并由甲方确认；如乙方所报价格甲方认为偏离实际价格，可由甲方指定进货渠道和商家，价格甲方确认；在确保质量的前提下，乙方按常规支付价款；乙方应保证首期付款最高达到70%，余款两个月内结清；本协议至新大陆广场完成框架结构一层工程时终止。
1999年11月1日，建工三公司三直属处致函爱建公司，表示该处承建爱建公司的新大陆广场项目，原口头承诺的按工程总造价下浮1%，此条件始终不变，特此承诺。
2000年11月8日，爱建公司（甲方）与建工三公司三直属处（乙方）签订《通风管道工程合同》，约定：1、甲方负责与设计单位协商，请求变更设计；2、工程范围含新大陆广场中央空调风管系统及其他通风系统；3、该工程以玻璃钢风管为基本计价单位，即每公斤8.20元结算；工程总量如发生增或减，结算时总价款随之增或减；按设计需加保温层的部分，加保温层的工作仍由乙方完成，保温材料价款由甲方支付，但不再计加安装费；该工程单列结算，今后不再纳入新大陆广场工程总量之中参加结算等。
2000年12月19日，爱建公司（甲方）与建工三公司三直属处（乙方）签订《补充协议书》，约定：1、今后凡定额规定属调价范围的材料（设备）原则上一律由甲方采供，如经甲方书面委托，也可由乙方采购；2、出于抢工期和工程质量上的考虑，新大陆广场工程中原合同约定由乙方承担的分项工程，甲方在采供材料（设备）时，认为有必要同时落实施工队伍的，可以同时落实施工队伍，但需按该分项工程总造价的12%向乙方支付工程配合费；乙方为此提供现场水、电、机械设备（指塔吊、升降机、脚手架等）服务，现场治安保卫工作由乙方负责，同时乙方应在相关的施工上给予配合，根据管理的需要，乙方可向其他施工队伍收取水、电、费用，收取的费用超过5万元则转交甲方……5、为避免双方在单价、利润上的争议，今后新大陆广场中由乙方承担施工的分项工程，双方可采用分项单列核算的方式单独结算，（结算按原甲乙双方签订的工程合同和补充协议结算条款相应套入）单独结算的分项工程不再参加工程总结算等内容。
2001年1月10日，爱建公司（甲方）与建工三公司三直属处（乙方）签订《分项工程协议书》，约定：1、新大陆广场外立面瓷砖粘贴工程由乙方施工，工程范围包括新大陆外部所有设计中应贴砖的面积和部分；2、出于工期和工程质量上的考虑，新大陆广场外立面瓷砖粘贴工程采用包干方式进行；除所用瓷砖由甲方采供外，其余工、料均由乙方承担；3、工期从双方合同签订之日起计算，至2001年3月31日止，除瓷砖不能及时供应和甲方要求暂停等原因可以顺延工期外，乙方保证无条件地按时完工；4、工程总价款双方议定为58万元整（含税收等一切费用），乙方今后不得以任何理由和借口要求增加，除工期和质量因素外，甲方不得以任何理由和借口要求减少，该工程单列结算，今后不再列入新大陆广场工程总结算之中；……7、工程未能按时完工则首先承担10万元违约金，该款可在工程款中扣减，同时按每推延一天罚2,000元计算罚金，若乙方延期15日仍未完工，甲方有权选择其他施工单位进行该项瓷砖粘贴工程的施工等内容。
2001年2月26日，爱建公司（甲方）与建工三公司三直属处（乙方）签订《铁艺栅栏定作安装工程合同》，约定，新大陆广场商厦塔楼需要安装阳台栅栏，该工程甲方交给乙方定制和安装；安装工程结束后按实际尺寸丈量计算工程量，按每米140元单价进行结算（包含一切费用及税金）；工期从合同签订之日起计算，到2001年4月5日结束，乙方逾期完工则承担由此造成的直接和间接经济损失赔偿责任；该工程单列结算，今后甲乙双方在对新大陆广场工程进行结算时不再计入等内容。
2001年4月1日，建工三公司三直属处第五项目部致函爱建公司，同意按消防总价2.5%作为配合费。
上述合同签订后建工三公司按约定进行施工。施工过程中新大陆广场工程多次进行设计变更，但爱建公司与建工三公司未就设计变更导致的工期顺延重新签订协议。爱建公司共支付建工三公司工程款26,311,810.59元，爱建公司另代建工三公司支付电缆款332,400元、桥架款18,000元、大理石门套款26,700元、老兵铁艺款33,800元。爱建公司于1999年3月31日向贵阳市建管处交纳新大陆广场工程劳保统筹费10万元。爱建公司于2000年7月28日向贵州省建筑安装工程劳动保险费用管理办公室交纳劳保统筹费10万元，于2000年11月22日向贵州省建筑安装工程劳动保险费用管理办公室交纳劳保统筹费10万元。
根据新大陆广场《工程概况核定意见》记载，本案争议工程于1999年2月1日开工，于2002年1月18日竣工。
工程完工后爱建公司与建工三公司对结算问题未能达成一致意见，2004年8月27日，爱建公司与省建三公司共同委托贵州亚太工程造价咨询有限公司(以下简称“亚太公司”)对新大陆广场工程结算进行审核。2010年3月30日，亚太公司出具黔亚太基审[2010]55号《结算审核报告书》，根据该报告新大陆广场工程总造价为27,871,418.43元，其中土建部分为25,118,610.42元、安装部分为2,486,075.01元，外包工程配合费为266,733元。审理过程中经一审法院向亚太公司进行调查，该报告作出前并非所有的工程量都与施工单位建工三公司进行对接，出具报告是应爱建公司的要求。
审理中建工三公司申请对本案争议工程价款进行鉴定，一审法院委托贵阳安达会计师事务所（以下简称“安达所”进行鉴定，安达所于2014年5月作出（2014）安达（鉴）字第014号《新大陆广场工程造价鉴定报告》（以下简称“《14号鉴定报告》”），根据该报告土建工程为27,731,800.86元，其中甲供钢材及商品砼为6,751,400元；安装工程为2,961,044.41元；工程配合费为312,740.28元；工程总造价为31,005,585.55元。该报告经质证,安达所根据爱建公司及建工三公司的质证意见于2014年6月18日对上述报告予以调整，其中土建工程部分下调34,980.14元，按下浮1%进行相应调整后工程造价为30,970,955.21元。
在上述鉴定过程中因对边坡支护工程双方争议大，且鉴定资料不齐全，一审法院多次责令建工三公司提交相关鉴定资料，但建工三公司未能在一审法院指定的举证期限内提交边坡支护的施工图纸及竣工图纸。建工三公司于2014年2月27日提交了一份日期为1998年8月21日的新大陆广场②～⑩轴基坑施工方案平面、剖面图，该图纸中项目经理、技术负责、绘图、甲方负责人、甲方现场代表处均为空白，在图纸下方李明亮于1998年8月27日签署“1、同意余光生经理意见，由乙方设计、施工、负责，确保施工进度和安全；2、采用预决算制；”，建工三公司主张该图纸是边坡支护方案图，由于历史原因未查找到，直到2013年年底才找到，要求提交给鉴定单位进行鉴定。爱建公司表示法院已多次限定提交鉴定资料的时间，现提交早已过举证期限，不同意质证；该图纸上面有修改痕迹，无法确认其真实性；李明亮是何人，爱建公司的代理人不清楚；该图纸只是方案图，是否实际施工，应该有竣工图，而且该图纸没有设计单位、建设单位、施工单位、监理单位的签字、盖章，爱建公司对该图纸不予认可。建工三公司于2014年4月18日提交了1998年11月4日贵州省地基基础工程公司收到建工三公司三直属处新大陆广场坑基支护21万元的发票，主张部分边坡支护工程施工单位虽写的不是建工三公司，但建工三公司实际分包给专业公司进行施工，建工三公司已支付工程款给分包单位，应纳入工程总价。爱建公司表示建工三公司提交该发票的时间早已超过举证期限，也超过法院限定的鉴定资料提交的期限，不同意质证，亦不同意作为鉴定资料。
建工三公司主张爱建公司应支付其23项工程的配合费2,335,422.24元，包括：母线槽定制安装、母线桥动力配电箱、高低压柜制安、木质防火门制安、消防安装、塑钢窗制安、有线电视网络安装、防火卷帘门制安、女儿墙阳台铁栅制安、煤气管道安装、玻璃钢水箱制安、闭路监控系统、三菱电梯安装、五层通风管道安装、塔楼排烟管道安装、铁防火门制安、配电房安装、商场自动扶手电梯安装、铝合金窗制安、百叶窗制安、货梯制安、大堂入口装饰、商场1-6层装饰。爱建公司只认可其中的母线槽定制安装、木质防火门制安、消防安装、塑钢窗制安、防火卷帘门制安、女儿墙阳台铁栅制安、玻璃钢水箱制安、五层通风管道安装、塔楼排烟管道安装、铝合金窗制安、百叶窗制安需要支付配合费。另对于电梯安装费爱建公司及建工三公司均认可安装费为15万元，但建工三公司认为电梯安装配合费应将电梯设备的价值一并计入安装配合费中。审理中爱建公司提交了2001年3月16日省建三公司三直属处收取贵阳申达电梯安装维修有限公司1.5万元的收据以及2007年7月16日贵阳申达电梯安装维修有限公司关于“其司于2001年3月16日支付省建三公司三直属处15,000元作为代付主楼三台上海三菱电梯的安装配合费”的说明，拟证明爱建公司不应再向建工三公司支付此部分工程配合费。建工三公司对此未予认可。
建工三公司主张其还对B、D两套样板房进行装修，并提供其购买装修材料的票据，要求爱建公司支付样板房装修工程款。由于建工三公司提交的购买装修材料的票据无爱建公司的签证，爱建公司未予认可。审理中双方基本达成样板房装修人工费为7万元的意见，爱建公司主张已向实际施工人梁土庆支付该人工费，但爱建公司未能提交已支付该款项的依据。
另查明，1999年4月20日，湛江四建与建工三公司作为甲方与作为乙方的周志华签订《内部承包协议》，约定，新大陆广场工程的土建、室内外装修、水电等工程全部承包给周志华等与况福泉合作施工；周志华等人占70%、况福泉占30%的盈亏风险及收益；该项目是由湛江四建与建工三公司联建；公司管理费按工程总造价的9%收取等内容。因爱建公司要求撤换新大陆广场的施工队，1999年11月1日建工三公司三直属处向爱建公司出具函件表示该处与周志华等协商，已达成协议，周志华等自承包施工至撤场前所完成的施工工程量价款及由该处对其撤场给予的损失费补偿，在撤场后五个月内付清，若该处不能兑现，同意爱建公司将该处所欠周志华等款项（含息）给予支付，抵应付该处工程款。1999年11月8日省建三公司三直属处与周志华签订《贵阳爱建房产公司新大陆广场建设工程退场移交协议书》就相关事宜进行约定。1999年11月6日建工三公司三直属处就况福泉退出新大陆广场施工股份的相关事宜作出承诺。
因建工三公司在新大陆广场工程施工过程中存在组织机构不健全、违反监督程序、现场材料堆放混乱的问题，1999年10月24日贵阳市建筑工程质量监督站、贵阳市建筑安全监督检查站向建工三公司下发《停工通知书》。经建工三公司整改，1999年11月30日贵阳市建筑工程质量监督站向建工三公司发出《复工通知书》。
2010年5月4日爱建公司以其已超付工程款为由,诉至一审法院,请求判令：1、建工三公司返还爱建公司多支付的工程款6,273,675.64元；2、建工三公司支付违约金3,740,059.15元；3、诉讼费由建工三公司负担。审理中爱建公司将其诉讼请求第一、二项变更为：1、建工三公司返还爱建公司多支付的工程款5,902,692.16元；2、建工三公司支付违约金3,790,512.91元。
建工三公司于2010年5月26日提出反诉，请求判令：1、爱建公司支付建工三公司工程款约773万元及垫资利息约3,417,827元（从1999年2月1日起至2002年4月12日止，按补充协议第七条月利息百分之一点五计算）、逾期付款利息约256万元（从2002年4月13日起至付款之日止，按中国人民银行同期同类贷款利率计算）、索赔人工工资40万元；2、爱建公司承担本案诉讼费用、鉴定费。
一审法院认为，爱建公司与建工三公司1999年1月26日签订的《建设工程施工合同》以及此后双方签订的《关于建材价格确定的补充协议》、《通风管道工程合同》、《补充协议书》、《分项工程协议书》、《铁艺栅栏定作安装工程合同》属有效合同，双方均应按照合同约定履行自己的义务。
在审理过程中双方当事人对边坡支护工程的争议较大，由于欠缺该部分的鉴定资料，法院多次责令当事人限期提交鉴定资料，但建工三公司直到2014年2月27日才提交了一份日期为1998年8月21日的新大陆广场②～⑩轴基坑施工方案平面、剖面图。一审法院认为，由于上述图纸没有设计单位、施工单位、建设单位、监理单位的盖章，仅有李明亮一人签字，而建工三公司并未提交证据证明爱建公司授权李明亮可以在本案争议工程的相关图纸或签证中签字以及其签字可以作为认定本案争议工程量依据的证据，且该图纸已超过法院指定的举证期限，因此对建工三公司要求将该图纸作为鉴定资料的主张不予支持。建工三公司于2014年4月18日提交的1998年11月4日贵州省地基基础工程公司收到建工三公司三直属处新大陆广场坑基支护21万元的发票，由于该发票没有相关的施工合同、施工图纸佐证具体的施工位置、施工量，且已超过法院指定的举证期限，因此对该发票不予采信。
关于两套样板房装修价款的问题，虽然审理中建工三公司提交了一系列票据主张其购买了B、D两套样板房的装修材料，由于上述票据中没有爱建公司的签证，爱建公司对此未予以认可，因此对建工三公司单方提交的没有爱建公司签证的购买装修材料的票据不予采信。审理中爱建公司与建工三公司达成样板房装修人工费为7万元的共识，爱建公司主张已向实际施工人支付，但未提交支付上述款项的证据，因此本案的工程价款中应加上样板房装修部分的人工费7万元。
关于工程配合费的问题，建工三公司主张其承包的系整个工程，只要不是其施工而由他人施工的部分，均应按照《补充协议书》给付12%的管理费，爱建公司认为建工三公司得到配合费的前提是进行了配合，即向相关施工单位提供了水、电或相应机械设备。一审法院认为，在爱建公司与建工三公司签订的《建设工程施工合同》中虽然建工三公司承包的范围包括爱建公司提供施工图的土建、水电、采暖、设备安装、装饰装修及室外附属工程，但在该合同中同时明确设备安装及装饰装修工程的具体范围、要求及标准另行签订，而本案中爱建公司与建工三公司此后就设备安装及装饰装修工程签订的协议只有《通风管道工程合同》、《分项工程协议书》、《铁艺栅栏定作安装工程合同》，审理中爱建公司只认可母线槽定制安装、木质防火门制安、消防安装、塑钢窗制安、防火卷帘门制安、女儿墙阳台铁栅制安、玻璃钢水箱制安、五层通风管道安装、塔楼排烟管道安装、铝合金窗制安、百叶窗制安，对其他工程建工三公司虽提交了爱建公司与其他公司签订的合同复印件，但并未能提交充分的证据证明其他工程也在双方签订的合同确认的施工范围内，且建工三公司也未提交其他施工单位进行施工时予以配合的证据，因此对建工三公司主张的其余工程配合费不予支持。关于爱建公司主张建工三公司已收取贵阳申达电梯安装维修有限公司15,000元，爱建公司不应再支付配合费的问题，一审法院认为根据爱建公司与建工三公司三直属处签订的《补充协议书》约定爱建公司要向建工三公司支付分项工程总造价的12%的配合费，但同时也约定根据管理的需要建工三公司可向其他施工队伍收取水、电、费用，协议书只约定超过5万元要转交爱建公司，并未约定5万元以下的需要转交爱建公司也未约定建工三公司向其他施工单位收取的费用要抵扣爱建公司应支付给建工三公司的配合费，因此对爱建公司要求在配合费中抵扣该1.5万元的主张不予支持。
安达所于2014年5月作出《14号鉴定报告》，并根据双方当事人的质证意见于2014年6月18日对上述报告予以调整，根据上述报告及修改意见，本案争议工程造价为30,970,955.21元（其中甲供钢材及商品砼为6,751,400元），在上述报告中安达所在计算木质防火门时审定的工程造价为129,078.60元，计算配合费按照12%计费为37,500元，一审法院认为根据2001年4月1日建工三公司三直属处给爱建公司的函件，消防工程总价应按照2.5%计算配合费，木质防火门属于消防工程的一个部分，因此应按照2.5%计算配合费，则此部分的配合费应为3,226.97元，则本案中工程配合费为303,636.81元，下浮1%以后为300,600.44元。
虽然爱建公司与建工三公司对该报告的其余部分亦提出异议，但鉴定单位对双方当事人的异议进行了答复，且该鉴定报告鉴定程序合法，对该报告的其余部分予以采信。据此计算工程造价应为30,958,815.37元，加上样板房人工费7万元，建工三公司施工部分的工程总价款应31,028,815.37元。关于爱建公司交纳的劳保统筹费的问题，爱建公司主张应在工程款中扣减。根据《贵州省建筑安装工程劳动保险费用管理办法》的规定，建设单位在与建安企业签订承包合同后，应按照规定先向当地建设行政主管部门劳保费用管理机构缴纳劳保费用，安达所所作的鉴定报告中已按3.6%计算了劳保基金统筹费用，因此爱建公司代建工三公司向相关部门缴纳的30万元劳保统筹费用应在工程款中抵扣，但爱建公司应将相应的票据原件提交给建工三公司。综上，扣除甲供钢材及商品砼款6,751,400元，爱建公司另代建工三公司支付的电缆款332,400元、桥架款18,000元、大理石门套款26,700元、铁艺款33,800元、代缴的劳保统筹费用30万元，则爱建公司应支付的工程款为23,566,515.37元，由于爱建公司实际支付建工三公司的工程款为26,311,810.59元，爱建公司超付工程款2,745,295.22元，对该超付款项应由建工三公司返还爱建公司。对建工三公司要求爱建公司支付工程款773万元及逾期付款利息的反诉请求，不予支持。
关于爱建公司请求支付逾期完工违约金的问题，根据审理中查明的事实,本案争议工程在爱建公司与建工三公司签订《建设工程施工合同》后设计进行了多次变更，设计变更必然会导致施工工期的增加，而双方当事人对于因设计变更应延长的工期并未作出约定，因此对爱建公司以建工三公司逾期完工为由要求支付违约金的请求，不予支持。
关于建工三公司主张的垫资利息的问题， 1998年3月31日服装研究所、爱建公司与建工三公司签订的《补充协议书》第七条第二项约定“因甲方不能按时支付工程进度款，造成乙方停工、停建达三个月，由此给乙方造成的直接损失由甲方负责，并承担应支付乙方工程款的利息（从乙方开工之日起至付款之日止按月利息1.5%计）”，建工三公司以此约定要求爱建公司支付垫资利息，该条款约定的条件是因为爱建公司不能按时支付工程进度款，造成建工三公司停工、停建达三个月的情况，并非对垫资款的利息进行约定，因此对建工三公司以此约定为由要求爱建公司支付垫资款利息的请求不予支持。
关于建工三公司主张的工资损失问题，根据审理中查明的事实双方之间未能就结算达成一致是因为签证资料不完善导致双方对工程量认定分歧过大，且从双方往来函件及共同委托鉴定单位进行鉴定的过程等分析爱建公司并未故意拖延结算，而本案审理中围绕相关鉴定资料的提交等问题双方也有较大分歧。爱建公司并非恶意不与建工三公司进行结算，因此对建工三公司主张的人工工资损失不予支持。
综上，一审法院判决如下：一、建工三公司于本判决生效之日起十日内返还爱建公司多付的工程款2,745,295.22元；二、驳回爱建公司的其余诉讼请求；三、驳回建工三公司的反诉请求。本诉案件受理费81,882元，由爱建公司负担58,692元，由建工三公司负担23,190元；反诉案件受理费 54,223.48元，由建工三公司负担；鉴定费35万元，由爱建公司与建工三公司各负担17.5万元。
一审宣判后，爱建公司与建工三公司均不服该判决并向本院提出上诉。
爱建公司的上诉请求为：1、改判支持上诉人爱建公司的全部诉讼请求（即被上诉人返还多支付的工程款5,902,692.16元、被上诉人支付违约金3,790,512.91元）；2、诉讼费用（案件受理费、鉴定费）全部由被上诉人建工三公司承担。事实与理由：一、原判决采信的安达所的《14号鉴定报告》，在鉴定过程中鉴定单位未采纳爱建公司所提出的合理意见，导致鉴定结论的工程造价严重偏高，金额不低于300万元，应予以扣减。二、样板房的装修不是建工三公司完成，该样板房装修的人工费7万元也与建工三公司无关，不应在工程价款中加上该7万元。三、双方签订的《建设工程施工合同》明确约定：对于因工程量变化和设计变更等造成的工期延误，乙方在以上情况发生后5日内，就延误的内容和因此发生的经济支出向甲方代表提出报告……经甲方代表确认，工期顺延。原判决认定“双方当事人对因设计变更应延长的工期并未做出约定”与客观事实不符，从而不支持爱建公司提出的因建工三公司违约导致工期延误、应当承担违约金的主张有误。四、本案是因为建工三公司的不认可双方之前共同委托的贵州亚太天华工程造价评估事务所有限公司的审核报告、并坚持要求对全部工程进行鉴定导致的巨额鉴定费用，原判决决定爱建公司承担鉴定费35万元中的一半，对爱建公司不公平。
建工三公司的上诉请求为：1、依法撤销（2010）筑民一初字第24号民事判决，二审法院依法重新委托鉴定机构对本案所涉工程内容重新进行鉴定，根据重新鉴定的结果做出客观公正的判决；2、一审、二审诉讼费用及鉴定费用根据二审的鉴定结果由二审法院作出合理分担。事实和理由：一、安达所出具的《14号鉴定报告》与客观实际严重不符，依法不应予以采信。二、原判决以超过举证期限为由将本案所涉的边坡支护工程不予鉴定，表面上是依法办案，其实质是机械应用法律程序，没有注重法律与实践的统一，没有做案结事了。三、原审法院要求上诉人提供分项工程的施工合同来作为计算12%配合费的计算依据，属于举证责任的分配错误。四、虽然没有合同，但上诉人已经提供了B、D两套样板房装修材料的依据，原审法院因为被上诉人未签证为由不予计算有误。五、本案所涉及的30万元的劳保统筹费用不应在工程款中抵扣。六、原审法院采信的鉴定报告对甲供材料中的钢材价格和商品砼单价的计算有误，导致钢材款和商品砼款多扣。七、鉴定报告将地下与地面混淆，导致地下室工程量少算。八、因甲方违约，造成乙方需要留守3个工作人员在工地办理工程结算，从2001年1月15日交付新大陆广场给甲方使用之日起至2007年8月起诉甲方止期间乙方留守人员共计76.5万元的工资应由甲方负责赔偿。九、鉴定报告少算风管安装、保温工程造价为587,750.8元。十、从1999年至2001年12月在施工新大陆广场过程中，为爱建公司垫付电费、与其用工安全的费用等共计11万元，历时15年之久，要计算利息。此外，除了本上诉状已列的重大错误、明显错误以外，尚有部分漏算、少算、错算的工程已在一审中提出，请求二审法院依法予以改判。
一审法院查明的案件事实经二审审理核实，本院予以确认。
二审另查明，1998年12月28日，爱建公司发布了《“新大陆广场”工程招标文件》，载明：1、“新大陆广场”工程是由服装研究所与爱建公司联合开发兴建的项目，工程总层数29层（含地下二层），建筑面积31,481.2㎡；2、招投标工程范围：按甲方提供的施工图的土建、水电、采暖设备安装，装饰装修及室外的附属工程。设备安装及装饰装修工程的具体范围、要求及标准另行签订。
同日，建工三公司提交了《贵阳爱建新大陆广场工程投标书》，主要内容为：建工三公司同意履行议标书中对投标和中标单位的全部要求和应承担的责任义务，并承诺如下条款：1、总工期900天；对照甲方工期完工的要求，提前110天，赶工费愿意作为优惠，不予记取；中标后，以自报工期列入施工承包合同；工期提前不奖，延误认罚；每延误一天，罚1,000元，罚款总额不超过所承包工程结算价的1%。2、本工程实行预结算制，土建工程执行《93贵州建筑工程预算定额》，并按贵州省建设厅的有关最新文件调整，安装工程执行95定额，取费按国营二级施工企业标准记取，按结算总造价下浮3%。
随后，建工三公司中标。《中标通知书》载明：（1）中标单位建工三公司，建设单位爱建公司；（2）中标工程内容：土建、安装；（3）面积31,800㎡、框剪结构、27层总高97m、中标造价2,200万元、开竣工日期1998.4-2000.12；（4）定标意见：按建设单位1999年1月招标结果，建工三公司中标，不准转包或分包，中标条件详见合同。
爱建公司与建工三公司于1999年1月26日签订的《建设工程施工合同》除一审法院已经引用的部分事实以外，还约定了如下内容：1、图纸提供日期：1999年2月1日（分阶段提供）；2、甲方驻工地代表及委派人员名单：方道强（今后以甲方正式委任函和通知为准），乙方驻工地代表：张祖武、韩志贵。《建设工程施工合同》合同所附《条件》载明“第12条：工期延误：对以下造成竣工日期推迟的延误，经甲方代表确认，工期相应顺延。1、工程量变化和设计变更；2、一周内，非因乙方原因停水、停电、停气造成停工累计超过8小时；3、不可抗力；4、合同中约定或甲方代表同意给予顺延的其他情况。乙方在以上情况发生后5天内，就延误的内容和因此发生的经济支出向甲方代表提出报告，甲方代表在收到报告后5天内予以确认、答复，逾期不予答复，乙方即可视为延期要求已被确认。非上述原因，工程不能按合同工期竣工，乙方承担违约责任……”。
1999年7月19日，案涉项目取得了贵阳市城市规划局颁发的《建设工程规划许可证》，该证载明的建设单位为“服装研究所、爱建公司”。
1999年12月20日，建工三公司向监理单位贵州三维工程建设监理有限公司（以下简称三维监理公司）和爱建公司报送《贵州新大陆广场工程施工组织设计》。三维监理公司的总监理工程师签字同意建工三公司提出的施工组织设计，同时明确“但缺水电及设备安装方案，请于近日内补上，同时土建方案中要补充每层柱筋出露面的定位措施以确保轴线的准确性”；爱建公司于同月24日签字盖章认可建工三公司提出的施工组织设计方案，同时明确提出“但定额以外的施工方案等依工程签证为准，修改部分一式两份，甲、乙方各执一份”。
2001年10月23日，建工三公司向贵阳市质监站提交了《关于裙楼土建工程竣工验收的甩项报告》(以下简称《甩项报告》)，主张因建设单位在施工过程中通知将部分土建工程甩项，请求进行工程甩项竣工验收。爱建公司也在该《甩项报告》上盖章确认。
建工三公司于2002年2月13日制作的《工程决算书》载明：新大陆广场工程建筑面积为35,000㎡，预决算价为26,319,365.55元，“此决算未包括甲方签证工程量及室外部分，待工程手续全完后，随后追加；未含各施工单位配合费（12%）、风管安装工程量、风管保温工程量等”。
建工三公司于2003年12月16日编制的《建筑安装工程结算书》载明：新大陆广场的建筑层数为30层、建筑面积为33,000㎡、土建工程造价为27,239,893.89元。
建工三公司于2007年1月9日编制的《工程决算书》载明：新大陆广场工程总造价为24,110,722.36元。该《工程决算书》的《决算编制说明》载明“尚有一部分工程量待近期统一后再补充决算”。
另,爱建公司陈述称，甲方爱建公司、服装研究所与乙方建工三公司于1998年3月31日签订的《补充协议书》合同没有生效；建工三公司陈述称，该《补充协议书》已实际履行，服装研究所从未与建工三公司之间发生过案涉工程款的款项往来。爱建公司与建工三公司均确认，《补充协议书》中所涉及的《建筑工程施工合同》不存在。
服装研究所（现已更名为贵州雷格经济发展有限公司）于2014年12月1日出具《情况说明》，载明：“新大陆广场项目，原为服装研究所与爱建公司联建项目，服装研究所只根据约定分取房屋，项目的设计、招投标、建设、付款、验收、审核结算等一切事宜，均由爱建公司负责。服装研究所与爱建公司的联建协议已经履行完毕，贵州省高级人民法院现在审理的爱建公司与建工三公司建设工程施工合同纠纷一案，服装研究所不具有任何权利义务”。
对于工期顺延的问题。爱建公司在二审庭审中同意因工程设计变更与工程量增加导致的工期延长54天；建工三公司主张应顺延的工期为456天，具体组成为：第一，因增加的建筑面积未约定工期，也未约定工期计算方法，按工期定额计算，因建筑面积增加而应顺延的工期为194天；第二，因雨雪天影响不能施工有112.5天；第三,截止2001年11月15日案涉工程交付爱建公司使用之时，爱建公司支付建工三公司的工程款合计才25,181,810.59元（该金额不含1998年6月5日爱建公司借款295万元，1998年6月29日拨付工程款250万元），爱建公司未按约定支付工程进度款，故应顺延工期150天。此外，三公司陈述称，没有向爱建公司提出需要顺延工期的报告。
二审中，经双方同意，安达所就建工三公司提出的边坡支付、高层建筑增加费、化肥池、外墙装饰、铝合金窗等，以及爱建公司提出的卫生间防水等事项，进行补充鉴定，并于2014年11月24日出具《新大陆广场工程造价补充鉴定》（以下简称《补充鉴定》），结论为：新大陆广场工程最终工程造价为31,615,072.29元（注：该工程造价中包含《14号鉴定报告》已经确定的“工程配合费：312,740.28元”）。经质证，爱建公司认可该补充鉴定报告，建工三公司提出异议：报告存在少算脚手架费用与混凝土、钢材、大开挖工程的量，以及税金不应按93定额规定的3.38%计算，而应按照98定额规定的3.41%计算。鉴定单位答复：第一，鉴定报告中已经包含了脚手架费用；第二，不存在少算混凝土、钢材、大开挖工程的量的问题；第三，鉴定单位是按照双方合同约定的93定额来计算工程造价的，税金也应按93定额的规定来计算。鉴定单位表示不同意再次调整鉴定报告。
对于诉争的配合费问题。建工三公司在二审中确认：第一，其主张的配合费中，涉及“三菱电梯安装、商场手扶梯安装、货梯制安”等三项中，不应包含设备本身的价值，在扣除按电梯本身价值所计算的配合费后，建工三公司主张的配合费变更为2,011,422.24元；第二，对于《14号鉴定报告》已经确认的配合费的项目及其金额均予以认可；第三，建工三公司确认其所计算配合费的铁防火门制安工程造价37万元与配电房安装工程造价200万元均没有合同依据，是建工三公司自己估算的造价；第四，装修若在竣工之后进行的，则不再对装修部分主张配合费。
对于样板房装修的问题。建工三公司二审确认：两套样板房装修的费用为人工费7万元、材料费19,874.75元；爱建公司二审中明确表示，同意承担三公司所主张的样板房装修的人工费7万元与材料费19,874.75元。
建工三公司在二审中确认：（1）30万元的劳保统筹费用应当在工程款中予以扣除；（2）经核对，认可鉴定报告与原判决中的“甲供钢材及商品砼”价款，放弃上诉状中“关于甲供材料中钢材价格与商品砼价格计算有误”的主张；（3）放弃上诉状中关于地下室工程量少算的主张；（4）对于上诉状中主张的“电费问题”，不在本案中主张；（5）《14号鉴定报告》中已经核实了风管安装的费用，少算的只有保温工程的5.2万元；（6）木质防火门属于消防工程。
建工三公司单方制作并提交一审法院《工资表》载明：在2002-2007年期间内，建工三公司留守工地的两名管理人员的工资除2004年3-4月与2007年3月为2,550元 /月，其余期间均5,100元/月。建工三公司并未在本院指定的举证期限内提交《工资表》上载明“留守人员”的社保、个人所得税等相关凭证。
根据双方的上诉请求与答辩意见，归纳本案二审争议焦点为：1、建工三公司应否承担逾期完工的违约责任；2、爱建公司应支付建工三公司的工程配合费金额； 3、爱建公司应否支付建工三公司所主张的工资损失。
一、关于建工三公司应否承担逾期完工的违约责任的问题。
本院认为，建工三公司应当承担逾期完工的违约责任，爱建公司的上诉理由及请求部分成立。理由为：
第一，按照《建设工程施工合同》的约定，只有“因不可抗拒因素造成的停工、停水、停电连续超过三天”的，工期才能直接予以顺延。而对于其他情形，包含设计变更、不可抗力等因素导致的工期延误，均需要建工三公司向爱建公司提出需要顺延工期的报告，并经爱建公司审核确认，但建工三公司在施工过程中并未按照合同约定向爱建公司提出该报告。因此，建工三公司提出因为雨雪天气影响施工应顺延112天工期及因设计变更应顺延194天工期的主张没有事实依据与法律依据，不应予以支持。
第二，关于三公司提出的因爱建公司支付工程进度款延期而应该顺延工期的问题。按照安达所出具的《补充鉴定》，案涉工程总造价为31,615,072.29元，扣除甲供钢材及商品砼款6,751,400元，爱建公司另代建工三公司支付的电缆款332,400元、桥架款18,000元、大理石门套款26,700元、铁艺款33,800元、代缴的劳保统筹费用30万元（前述扣除款项合计为746.23万元），爱建公司应支付建工三公司的总工程款为24,152,772.29元。但是，从建工三公司自己统计的情况来看，截止2001年11月15日建工三公司退场并将工程交付给爱建公司之前，爱建公司已实际支付给建工三公司25,181,810.59元的工程进度款，该金额已经超过爱建公司应付工程款。因此，建工三公司提出的因爱建公司未按期支付工程进度款而应顺延工期的主张与客观事实不符合，本院不予支持。
第三，结合《贵阳爱建新大陆广场工程投标书》“罚款总额不超过所承包工程结算价的1%”，与《建设工程施工合同》“延误一月，按本合同第三十一条第二款（即“违约金按合同价款的1%计算，并按合同条件第三十一条执行”）计算”、合同条件第三十一条“乙方不能按合同工期竣工，施工质量达不到设计和规范的要求，或发生其它使合同无法履行的行为，甲方代表可通知乙方，按协议条款约定支付违约金，赔偿因其违约给甲方造成的损失”的约定，若建工三公司延误工期一个月以上，除承担爱建公司的因工期延误发生的损失外，还应承担违约金责任，但即使建工三公司延误工期超过一个月，其因工期延误所承担的违约金也不能超过工程造价的1%。案涉工程实行的是套算定额，据实计价，经鉴定最终的工程造价为31,615,072.29元。因此，虽然三公司工期延误超过一个月，但其承担的违约金不超过316,150.72元（31,615,072.29元×1%），爱建公司提出的因建工三公司延误工期应承担3,740,059.15元违约金的诉请中超过316,150.72元的部分没有事实依据，本院不予支持。
二、关于关于爱建公司应支付建工三公司的工程配合费金额的问题。
本院认为，第一，对于一审法院已经确认并计算了配合费的12项工程，因双方对该12项工程及其具体金额均无异议，本院予以确认，即爱建公司因该12项工程应给予建工三公司配合费合计为300,600.44元。第二，因建工三公司在二审中自认三菱电梯安装、商场自动手扶电梯与货梯制安这三项工程中的，电梯设备价值不应计算配合费，只主张电梯安装费用，并认可一审法院认定的电梯安装配合费1.8万元，本院不再调整。第三，因大堂入口装饰与商场1-6层装饰工程是在建工三公司退场之后进行的装修，建工三公司并未举证证明其在退场之后仍然履行了配合义务，故建工三公司主张爱建公司应向其支付该两项工程的配合费没有事实依据，本院不予支持。第四，对于铁防火门制安与配电房安装工程，因建工三公司并未举证证明该两项工程的造价，其作为计算配合费依据的造价为建工三公司单方估算的价格，不具有客观性，本院不予采信。第五，对于建工三公司提出的应当计算配合费其余工程，如母线桥动力配电箱工程（配合费49,643.16元）、高低压柜制安工程（配合费10,800元）、有线电视工程（配合费2,940元）、煤气管道安装工程（配合费36,252元）、闭路监控系统工程（配合费27,315.96元），建工三公司已向人民法院提交了前述工程的合同复印件。因建工三公司并非前述分包合同当事人，且爱建公司并未举证证明前述分包合同载明的内容与客观情况不符，故本院对建工三公司提交的前述合同复印件予以采信。因此，建工三公司提出前述五项工程应予计算配合费的主张，本院予以支持，即爱建公司因前述五项工程合计应支付建工三公司工程配合费120,505.95元，下浮1%以后为119,300.89元。综上所述，爱建公司应支付建工三公司工程配合费合计为419,901.33元。
三、关于爱建公司应否支付建工三公司工资损失的问题。
本院认为，从建工三公司自己制作的新大陆广场《工程决算书》载明的内容“尚有一部分工程量待近期统一后再补充决算”来看，直到2007年1月9日，建工三公司对其施工的工程量自己都不确定。因此，案涉工程长期未能结算，并非爱建公司恶意拖延不与建工三公司进行结算的造成，且建工三公司也未在本院指定的举证期限内提交相关证据证明其实际支付了该工资。因此，建工三公司所主张的工资损失没有事实依据，不予支持。
综上，按照安达所出具的《补充鉴定》，新大陆广场工程最终工程造价为31,615,072.29元，扣除该补充鉴定报告中确认的工程配合费312,740.28元，再加上本院确认的爱建公司应付建工三公司的工程配合费419,901.33元，加上爱建公司应付建工三公司的样板房装修人工费7万元与材料费19,874.75元，扣除甲供钢材及商品砼款6,751,400元，以及爱建公司另代建工三公司支付的电缆款332,400元、桥架款18,000元、大理石门套款26,700元、铁艺款33,800元、代缴的劳保统筹费用30万元，则爱建公司应支付的工程款为24,349,808.09元。因爱建公司已支付建工三公司工程款26,311,810.59元，爱建公司超付工程款1,962,002.5元，建工三公司应将该超付款项返还爱建公司。
综上，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项之规定，判决如下：
一、撤销贵州省贵阳市中级人民法院（2010）筑民一初字第24号民事判决主文第二项；
二、维持贵州省贵阳市中级人民法院（2010）筑民一初字第24号民事判决主文第三项；
三、变更贵州省贵阳市中级人民法院（2010）筑民一初字第24号民事判决主文第一项为：贵州建工集团第三建筑工程有限责任公司于本判决生效之日起十日内返还贵阳爱建房地产开发有限公司多付的工程款1,962,002.5元；
四、贵州建工集团第三建筑工程有限责任公司于本判决生效之日起十日内支付贵阳爱建房地产开发有限公司违约金316,150.72元；
五、驳回贵阳爱建房地产开发有限公司的其余上诉请求；
六、驳回贵州建工集团第三建筑工程有限责任公司的其余上诉请求。
逾期不履行本判决确定的金钱给付义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审本诉案件受理费81,882元，由贵阳爱建房地产开发有限公司负担59,775元，由贵州建工集团第三建筑工程有限责任公司负担22,107元；反诉案件受理费 54,223.48元，由贵州建工集团第三建筑工程有限责任公司负担。二审案件受理费82,985元，由贵阳爱建房地产开发有限公司55,092元，贵州建工集团第三建筑工程有限责任公司负担27,893元。鉴定费35万元，由贵阳爱建房地产开发有限公司负担15万元，贵州建工集团第三建筑工程有限责任公司负担20万元。
本判决为终审判决。
审 判 长 陈 卫
代理审判员 贾鸿雁
代理审判员 李 露
二〇一五年五月十九日
书 记 员 张 玲
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